Число групп на групповой стадии увеличится до 12, а состоять они будут из четырех команд. Каждому клубу на данном этапе предстоит провести по три матча дома и на выезде, а в 1/16 финала пробьются обладатели первых и вторых мест.

Действующий победитель турнира и десять команд, которые не смогли преодолеть барьер квалификации Лиги чемпионов УЕФА, попадут в групповой этап напрямую.

До группового этапа будет четыре отборочных раунда. Участниками первого из них станут обладатели кубков ассоциаций УЕФА с 52-м и 53-м коэффициентами, вице-чемпионы стран с рейтингами от 35-го по 51-й (за исключением Лихтенштейна), бронзовые призеры стран с коэффициентами с 22-го по 51-й (за исключением Лихтенштейна) и три победителя лотереи "фэйр-плей". На данной стадии они будут разбиты на пары и сыграют со своими соперниками по матчу дома и на выезде.

25 победителей проследуют во второй отборочный раунд, где к ним присоединятся победители кубковых турниров в ассоциациях с рейтингами от 28-го до 51-го, вице-чемпионы стран с коэффициентами от 19-го до 34-го, бронзовые призеры стран с коэффициентами от 16-го до 21-го, обладатели четвертых мест в чемпионатах стран с коэффициентами от 10-го до 15-го, а также пятые команды стран с коэффициентами от седьмого до девятого. Участники вновь будут разбиты на пары и сыграют со своими соперниками по разу дома и на выезде.

40 сильнейших команд второго отборочного раунда окажутся в третьем. Здесь также сыграют победители кубковых турниров в ассоциациях с рейтингами от 16-го до 27-го, вице-чемпионы стран с коэффициентами от 16-го до 18-го, бронзовые призеры стран с коэффициентами от 10-го до 15-го, обладатели четвертых мест в чемпионатах стран с коэффициентами от седьмого до девятого, пятые команды стран с коэффициентами от четвертого до шестого, а также шестые команды трех лидеров таблицы коэффициентов. Участники в очередной раз будут разбиты на пары и сыграют со своими соперниками по матчу дома и на выезде.

35 сильнейших команд третьего отборочного раунда получат право на участие в стыковых матчах, где к ним присоединятся 15 неудачников третьего раунда квалификации Лиги чемпионов УЕФА. Помимо них на этой стадии в борьбу включатся победители кубковых турниров в ассоциациях с рейтингами от первого по 15-й, бронзовые призеры стран с коэффициентами с седьмого по девятый, обладатели четвертых мест в чемпионатах стран с коэффициентами от четвертого до шестого, а также пятые команды трех лидеров таблицы коэффициентов.

37 победителей пробьются в групповой этап, а напрямую в эту стадию попадут обладатель трофея и десять команд, которые не смогли преодолеть барьер стыковых матчей Лиги чемпионов УЕФА.

В случаях, когда обладатель национального кубка выходит в Лигу чемпионов, его путевка в Лигу Европы по-прежнему будет доставаться второму финалисту.

В 1/16 финала Лиги Европы попадут по две лучшие команды каждой из 12 групп, а также восемь клубов, которые финишируют третьими в своих группах Лиги чемпионов. 16 сильнейших команд продолжат борьбу в 1/8 финала, после чего состоятся четвертьфиналы и полуфиналы.

Финал будет состоять из одного поединка и пройдет на нейтральном стадионе в среду, матч начнется в 20:45 по европейскому времени. Решающий поединок первого розыгрыша Лиги Европы пройдет 12 мая на "Арене Гамбург".

Матчи Лиги Европы будут играться по четвергам на игровых неделях Лиги чемпионов и по средам и четвергам в недели, когда в Лиге чемпионов матчей не запланировано. В зависимости от места проведения матч может начинаться либо в 19:00, либо в 21:05 по европейскому времени.

Начиная с группового этапа, реализация медиаправ на Лигу Европы будет носить централизованный характер. У турнира появится неэксклюзивный представляющий спонсор и свой мяч для групповой стадии. С 1/16 финала централизованно будет осуществляться также выбор спонсоров.

Расписание жеребьевок Лиги Европы УЕФА-2009/10
22.06.2009 Ньон Первый и второй отборочный раунды
17.07.2009 Ньон Третий отборочный раунд
07.08.2009 Ньон Раунд стыковых матчей
28.08.2009 Монако Групповой этап
18.12.2009 Ньон 1/16 финала и 1/8 финала
19.03.2010 Ньон 1/4 финала, 1/2 финала и финал
 
Календарь Лиги Европы УЕФА-2009/10
Первый отборочный раунд, первые матчи 02.07.2009
Первый отборочный раунд, ответные матчи 09.07.2009
Второй отборочный раунд, первые матчи 16.07.2009
Второй отборочный раунд, ответные матчи 23.07.2009
Третий отборочный раунд, первые матчи 30.07.2009
Третий отборочный раунд, ответные матчи 06.08.2009
Раунд стыковых матчей, первые матчи 20.08.2009
Раунд стыковых матчей, ответные матчи 27.08.2009
Групповой этап, первый тур 17.09.2009
Групповой этап, второй тур 01.10.2009
Групповой этап, третий тур 22.10.2009
Групповой этап, четвертый тур 05.11.2009
Групповой этап, пятый тур 02/03.12.2009
Групповой этап, шестой тур 16/17.12.2009
1/16 финала, первые матчи 18.02.2010
1/16 финала, ответные матчи 25.02.2010
1/8 финала, первые матчи 11.03.2010
1/8 финала, ответные матчи 18.03.2010
1/4 финала, первые матчи 01.04.2010
1/4 финала, ответные матчи 08.04.2010
1/2 финала, первые матчи 22.04.2010
1/2 финала, ответные матчи 29.04.2010
Финал ("Арена Гамбург", Германия) 12.05.2010