Жозе Моуринью родился 26 января 1963 года в городе Сетубал (Португалия). До 16 лет он играл в любительской лиге, пока его отец Феликс Моуринью (на тот момент тренер «Витории», легендарный в прошлом вратарь сборной Португалии) не убедил его в том, чтобы он стал его помощником, так как клуб был небогатый, ему просто-напросто не хватало персонала. И с 16 лет Жозе стал активно помогать отцу, разъезжая по стране и наблюдая за соперниками «Витории», делая записи обо всем что могло бы помочь в достижении результата.

В 23 года Жозе закончил Португальский Институт Спорта, и после этого уехал в Шотландию, чтобы получить профессиональные навыки тренерской деятельности. Там он познакомился со многими известными тренерами, что в последствии ему помогло в профессиональном росте.

По возвращении из Шотландии он устроился тренером молодежной команды «Бенфики», проработав в ней 4 сезона. И можно сказать, с этого момента его карьера пошла, в гору. В 1994 году на пост главного тренера «Порту» был назначен Сэр Бобби Робсон, с которым Моуринью познакомился, пока учился, в Шотландии. Бобби Робсон не забыл о Моуринью и пригласил его в «Порту». Поначалу Моуринью работал переводчиком у мэтра, но затем стал ближайшим помощником Робсона (Робсон восхищался знаниями Жозе и поверил в него, как оказалось не зря). В «Порту», вместе они проработали 2 сезона, в котором весьма успешно выступали: в 1994 году завоевали серебро национального чемпионата и выиграли кубок Португалии, а в 1995 году вернули «Порту» титул сильнейшей команды Португалии, потерянный в 1994. Также в 1994 году была одержана победа в Суперкубке Португалии.

В 1997 году Бобби Робсон был назначен главным тренером «Барселоны» и естественно взял с собой Жозе Моуринью. В 1997 году тренерский тандем выиграл кубок обладателей кубков, кубок Испании и завоевал серебряные медали чемпионата, упустив золото в последнем туре после поражения от мадридского «Реала», после чего Бобби Робсон был уволен. На его место пришел Луи Ван Галь. Теперь Моуринью работал рука об руку со знаменитым голландцем. В сезонах 1998/99 и 1999/2000, «Барселона» выиграла оба чемпионских титула и кубок Испании. В 2000 году Бобби Робсон возглавлявший «Ньюкасл» пригласил Моуринью стать его помощником с возможностью роста до главного тренера, но Моуринью впервые отказал знаменитому наставнику, мотивировав это своим желанием попробовать себя в качестве главного тренера. — «Я многому научился у обоих моих наставниках, Бобби Робсон большую часть работы уделял эмоциям, и я лишь несколько раз вел тренировки самостоятельно, а Луи Ван Галь уделял большое количество времени дисциплине, и при нем я вел большое количество занятий в одиночку, а он садился на трибуну и наблюдал», — говорит Моуринью.

В 2000 году Жозе Моуринью был назначен главным «Бенфики», но продержался на этом посту всего три с половиной месяца. Это было связано с тем, что президент «Бенфики», Луис Фелипе Виера был недоволен тем, что Моуринью сразу начал наводить порядок в команде, и хотел чтобы руководство не вмешивалось в его работу, по истечении некоторого времени Луис Фелипе Виера признал — «увольнение Жозе Моуринью стало самой моей главной ошибкой в футбольной жизни». Тем не менее, Жозе Моуринью не обратил на это большого внимания и возглавил скромную «Лейерию», с которой сходу завоевал четвертое место в чемпионате, не бывалый успех для самой бедной команды португальского чемпионата. Это послужило решающим фактором для руководства «Порту» о назначении Моуринью главным тренером их команды.

В 2001 году Моуринью подписывает контракт с «Порту» на 3 года. За это три сезона Моуринью доказал, что является одним из лучших тренеров современности. Были одержаны победы: дважды в чемпионате Португалии, Кубке УЕФА, Лиге Чемпионов (Жозе Моуринью стал самым молодым главным тренером в истории, выигравшим Лиги Чемпионов), кубке Португалии. Спустя 3 дня после победы в финале Лиге Чемпионов над «Монако» 3:0, президент «Челси», Роман Абрамович пригласил Моуринью на свою яхту для подписания контракта.